Covert Affairs nos presenta a Annie Walker (Perabo), una mujer que habla seis idiomas a la perfección, ha viajado por todo el mundo y su apuesta es ingresar a la CIA. Para su sorpresa, la agencia acepta su solicitud un mes antes de concluir su pre-entrenamiento. Lo que no sabe Walker es que sus jefes la seleccionaron porque buscan a alguien o algo que se encuentra relacionado con su pasado.

La novata recibe ayuda de Auggie Anderson (Gorham), un experto en operaciones especiales, quien queda ciego durante una asignación. Anderson le sirve de guía no oficial en este nuevo mundo lleno de intriga, el mundo de los espías.