La trama narra la patética vida de Bret y Jemaine, dos treintañeros de Nueva Zelanda que se instalan en Nueva York con el deseo de triunfar en el mundo de la música. Para ello cuentan con su "banda" —que lleva el nombre de la serie—, compuesta únicamente por ellos dos. También tienen un representante, que jamás les consigue trabajo; y una fan, una solita, tan densa y excitada como una jauría de groupies quinceañeras.

Tranquilos, la obra no es una comedia musical al uso en donde sin razón aparente todos los personajes cantan en lugar de parlamentar. No. Lo que ocurre en Flight of the Conchords es aquello que en literatura se llama el "fluir de la conciencia". Cada vez que uno de los protagonistas piensa, desea, imagina o fantasea —cada vez que se evade de la realidad— lo hace cantando.